手術術式としては全結腸全摘、直腸粘膜切除、回腸肛門吻合(IAA)が一般的です。潰瘍性大腸炎の手術は、病変を残した手術は行われません。なぜなら術後もステロイドを必要とし、病変部位よりの出血は改善が期待できないからです。原因病変が取り除かれ、根治します。全身状態、貧血、発熱、腹痛、栄養状態などが急速に改善され、ステロイドとも縁が切れます。しかし発病から十年以上経過し癌の発生、転移もしくは、不可逆性（元に戻らない）の腸管外合併症が発生してしまうと、大腸を取り除いても腸管以外の病気の影響を受けることになってしまいます。